Overcoming paralogy and incomplete lineage sorting to detect a phylogeographic signal: a <i>GapC</i> study of <i>Armeria pungens</i>
Notice bibliographique
Résumé
Low-copy nuclear genes have been suggested as a promising source of independent phylogeographic markers in plants. However, the available studies at the intraspecific level have revealed that extracting information from them is frequently hampered by paralogy and lack of coalescence of alleles. It is thus relevant to test their utility with plants for which solid data from other markers are available. The aims of this study are to retrieve phylogeographic useful information in a low-copy nuclear gene by examining the congruence of the genetic variation with the geography, as well as with previous nuclear ribosomal, plastid, and amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers. Seven combinations of primers have been assayed to characterize the structure of GapC (cytosolic glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase) in Armeria pungens (Link) Hoffmanns. & Link, a linearly distributed Atlantic–Mediterranean disjunct sand-dune species. A matrix of 101 direct sequences from 71 individuals was analysed with statistical parsimony. To check the reliability of direct sequencing, 216 cloned sequences were also generated. Tests of recombination have also been attempted. By comparing nucleotide and amino acid sequences, three different paralogs (1, 2, 3) were identified of which paralog 2 was sampled for phylogeographic inference. Within this paralog, 13 alleles belonging in three different sequence types (I, II, III) were detected. These types are shown to correspond with lineages from the same locus whose splitting predates the origin of A. pungens, although type III could be a recent paralog. Allelic variation within types I and II followed a clear geographic trend supporting the two main genetic lineages detected in A. pungens with previous markers. This study suggests that information on the population history of a species can be retrieved, even if some uncertainty remains on the source of variation of low-copy nuclear gene sequences, either alleles from the same locus or paralogs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».