Poxvirus ankyrin repeat proteins are a unique class of F-box proteins that associate with cellular SCF1 ubiquitin ligase complexes
Notice bibliographique
Résumé
F-box proteins direct the degradation of an extensive range of proteins via the ubiquitin-proteasome system. Members of this large family of proteins are typically bipartite. They recruit specific substrates through a substrate-binding domain and, via the F-box, link these to core components of a major class of ubiquitin ligases (SCF1). F-box proteins thus determine the specificity of SCF1-mediated ubiquitination. F-box-like motifs were recently detected in poxvirus ankyrin repeat (ANK) proteins but clear compositional differences to typical F-box proteins raise questions regarding the classification and function of the motif. Here we show that all five ANK proteins of a representative poxvirus, Orf virus, interact in vivo with core components of the SCF1 ubiquitin ligase complex. Interaction is dependent on the poxviral F-box-like motif and the adaptor subunit of the complex (SKP1). The viral protein does not block enzymatic activity of the complex. These observations identify the poxviral motif as a functional F-box. They also identify a new class of F-box that in contrast to cellular counterparts is truncated, has an extreme C-terminal location and is paired with an ANK protein-binding domain. ANK proteins constitute the largest family of poxviral proteins but their function and the significance of their abundance have remained an enigma. We propose that poxviruses use these unique ANK/F-box proteins to dictate target specificity to SCF1 ubiquitin ligases and thereby exploit the cell's ubiquitin-proteasome machinery.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».