Tandem mass spectrometry of protein—Protein complexes: Cytochrome <i>c</i>—Cytochrome <i>b</i><sub>5</sub>
Notice bibliographique
Résumé
An improved method to interpret triple quadrupole MS/MS experiments of complexes of large ions is presented and applied to a study of the complex formed by the proteins cytochrome c and cytochrome b5. Modeling of the activation and dissociation process shows that most of the reaction occurs near the collision cell exit where ions have the highest internal energies. Experiments at different collision cell pressures or with different collision gases (Ne, Ar, Kr) are interpreted with a previously proposed collision model (Chen et al., Rapid Commun. Mass Spectrom. 1998, 12, 1003-1010) to calculate the internal energy added to ions to cause dissociation. Small but systematic differences under different experimental conditions are attributed to different times available for reaction. A method to correct for this is presented. Ne, Ar, and Kr are found to have similar energy transfer efficiencies. Complexes of cytochrome c and cytochrome b5 are detected in ESI mass spectra but with abundances less than expected from the solution equilibrium. Dissociation of the cytochrome c-cytochrome b5 complexes with charge k gives as the most abundant fragments, cytochrome b5(+3) and cytochrome c+(k-3). Adding charges to the complex destabilizes it. A series of cytochrome c variants with Lys residues thought to be involved in solution binding replaced by Ala showed no differences in the energy required to induce dissociation of the gas phase complex. The implications for the binding of the gas phase ions are inconclusive.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».