Expression System for High Levels of GAG Lyase Gene Expression and Study of the <i>hepA</i> Upstream Region in <i>Flavobacterium heparinum</i>
Notice bibliographique
Résumé
A system for high-level expression of heparinase I, heparinase II, heparinase III, chondroitinase AC, and chondroitinase B in Flavobacterium heparinum is described. hepA, along with its regulatory region, as well as hepB, hepC, cslA, and cslB, cloned downstream of the hepA regulatory region, was integrated in the chromosome to yield stable transconjugant strains. The level of heparinase I and II expression from the transconjugant strains was approximately fivefold higher, while heparinase III expression was 10-fold higher than in wild-type F. heparinum grown in heparin-only medium. The chondroitinase AC and B transconjugant strains, grown in heparin-only medium, yielded 20- and 13-fold increases, respectively, in chondroitinase AC and B expression, compared to wild-type F. heparinum grown in chondroitin sulfate A-only medium. The hepA upstream region was also studied using cslA as a reporter gene, and the transcriptional start site was determined to be 26 bp upstream of the start codon in the chondroitinase AC transconjugant strain. The transcriptional start sites were determined for hepA in both the wild-type F. heparinum and heparinase I transconjugant strains and were shown to be the same as in the chondroitinase AC transconjugant strain. The five GAG lyases were purified from these transconjugant strains and shown to be identical to their wild-type counterparts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».