Hydrophilic modifications in peptide nucleic acid — Synthesis and properties of PNA possessing 5-hydroxymethyluracil and 5-hydroxymethylcytosine
Notice bibliographique
Résumé
We have investigated the chemistry for the incorporation of C5-hydroxymethyl-uracil and -cytosine in peptide nucleic acid (PNA) and the subsequent effect of this modification on PNA hybridization behavior. Largely based on literature precedent, we prepared a peptide nucleic acid monomer, possessing 5-hydroxymethyuracil, which was compatible with Fmoc-based oligopeptide synthesis. An improved, large-scale synthesis of 5-hydroxymethylcytosine was developed, as a starting point for the synthesis of a monomer containing this nucleobase. In each case, the hydroxyl group was blocked as a t-butyldiphenylsilyl ether, and the exocyclic amino group of cytosine was additionally blocked with the benzoyl-group. The modified monomers were incorporated into isolated positions in the oligomer sequence using standard protocols. The modified oligomers showed that the 5-hydroxymethyl group is compatible with triplex and duplex formation.Key words: peptide nucleic acid, hydroxymethyluracil, hydroxymethylcytosine, modified nucleobase, hybridization.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».