Normalizing genes for quantitative RT-PCR in differentiating human intestinal epithelial cells and adenocarcinomas of the colon
Notice bibliographique
Résumé
As for other mRNA measurement methods, quantitative RT-PCR results need to be normalized relative to stably expressed genes. Widely used normalizing genes include beta-actin and glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase. It has, however, become clear that these and other normalizing genes can display modulated patterns of expression across tissue types and during complex cellular processes such as cell differentiation and cancer progression. Our objective was to set the basis for identifying normalizing genes that displayed stable expression during enterocytic differentiation and between healthy tissue and adenocarcinomas of the human colon. We thus identified novel potential normalizing genes using previously generated cDNA microarray data and examined the alterations of expression of two of these genes as well as seven commonly used normalizing genes during the enterocytic differentiation process and between matched pairs of resection margins and primary carcinomas of the human colon using real-time RT-PCR. We found that ribosomal phosphoprotein P0 was particularly stable in all intestinal epithelial cell extracts, thereby representing a particularly robust housekeeping reference gene for the assessment of gene expression during the human enterocytic differentiation process. On the other hand, beta-2-microglobulin generated the best score as a normalizing gene for comparing human colon primary carcinomas with their corresponding normal mucosa of the resection margin, although others were found to represent acceptable alternatives. In conclusion, we identified and characterized specific normalizing genes that should significantly improve quantitative mRNA studies related to both the differentiation process of the human intestinal epithelium and adenocarcinomas of the human colon. This approach should also be useful to validate normalizing genes in other intestinal contexts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».