MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2137225884 · doi:10.1093/nar/gkh617

The ribosomal RNA gene promoter and adjacent cis-acting DNA sequences govern plasmid DNA partitioning and stable inheritance in the parasitic protozoan Leishmania

2004· article· en· W2137225884 sur OpenAlexafffund
Nathalie Boucher

Notice bibliographique

RevueNucleic Acids Research · 2004
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueTrypanosoma species research and implications
Établissements canadiensUniversité Laval
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaBurroughs Wellcome Fund
Mots-clésBiologyPlasmidGeneticsDNAGeneTranscription (linguistics)Molecular biologyRibosomal RNA

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Detailed analysis of the Leishmania donovani ribosomal RNA (rRNA) gene promoter region has allowed the identification of cis-acting sequences involved in plasmid DNA partitioning and stable plasmid inheritance. We report that plasmids bearing the 350 bp rRNA promoter along with the 200 bp region immediately 3' to the promoter exhibited a 6.5-fold increase in transformation frequency and were transmitted to daughter cells as single-copy molecules. This is in contrast to what has been observed for plasmid molecules in this organism so far. Moreover, we show that these low-copy-number plasmids displayed a remarkable mitotic stability in the absence of selective pressure. The region in the vicinity of the RNA pol I transcription initiation site, and also in the adjacent 200 nt, displays a complex structural organization and shares sequence similarity to the yeast autonomously replicating consensus sequence and centromere DNA elements. Deletion analyses indicated that these elements were necessary but not sufficient for plasmid DNA partitioning and stable inheritance, and that the rRNA promoter region was required for optimal function. These results suggest an interplay between RNA pol I transcription, DNA replication, DNA partitioning and mitotic stability in trypanosomatids. This is the first example of defined DNA elements for plasmid partitioning and stable inheritance in the protozoan parasite Leishmania.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,816
Score d'incertitude au seuil0,903

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,063
Tête enseignante GPT0,352
Écart entre enseignants0,289 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations20
Publié2004
Routes d'admission2
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueNucleic Acids ResearchMême sujetTrypanosoma species research and implicationsTravaux en français237 207