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Enregistrement W2137284096 · doi:10.1371/journal.pgen.1000768

A Genome-Wide Association Study Reveals Variants in ARL15 that Influence Adiponectin Levels

2009· review· en· W2137284096 sur OpenAlexafffund
J. Brent Richards, Dawn Waterworth, Stephen O’Rahilly, Marie‐France Hivert, Ruth J. F. Loos, John R. B. Perry, Toshiko Tanaka, Nicholas J. Timpson, Robert K. Semple, Nicole Soranzo, Kijoung Song, Nuno Rocha, Elin Grundberg, Josée Dupuis, Jose C. Florez, Claudia Langenberg, Inga Prokopenko, Richa Saxena, Robert Sladek, Yurii S. Aulchenko, David M. Evans, Gérard Waeber, Jeanette Erdmann, Mary-Susan Burnett, Naveed Sattar, Joseph M. Devaney, Christina Willenborg, Aroon D. Hingorani, Péter Vollenweider, Beate Glaser, Christian Hengstenberg, Luigi Ferrucci, David Melzer, Klaus Stark, John Deanfield, Janina Winogradow, Martina Grassl, Alistair S. Hall, Josephine M. Egan, John R. Thompson, Sally L. Ricketts, Inke R. König, Wibke Reinhard, Scott M. Grundy, H‐Erich Wichmann, Phil Barter, Robert W. Mahley, Y. Antero Kesäniemi, Daniel J. Rader, Muredach P. Reilly, Stephen E. Epstein, Alexandre F.R. Stewart, Cornelia M. van Duijn, Heribert Schunkert, Keith Burling, Panos Deloukas, Tomi Pastinen, Nilesh J. Samani, Ruth McPherson, George Davey Smith, Timothy M. Frayling, Nicholas J. Wareham, James B. Meigs, Vincent Mooser, Tim D. Spector

Notice bibliographique

RevuePLoS Genetics · 2009
Typereview
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAdipokines, Inflammation, and Metabolic Diseases
Établissements canadiensUniversity of OttawaMcGill UniversityMcGill University and Génome Québec Innovation CentreJewish General Hospital
Organismes subventionnairesNational Center for Research ResourcesNational Eye InstituteNational Heart, Lung, and Blood InstituteNIHR Cambridge Biomedical Research CentreMedical Research CouncilGlaxoSmithKlineDirectorate for Biological SciencesNational Institutes of HealthUppsala UniversitetChildren's Hospital of PhiladelphiaKing's College LondonBritish Heart FoundationSchool of Medicine, Boston UniversityHelsingin YliopistoGenome CanadaBundesministerium für Bildung und ForschungNational Institute for Health and Care ResearchMassachusetts General HospitalNational Research CentreBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilCancer Research UKWellcome TrustUniversity of PennsylvaniaDeutsche ForschungsgemeinschaftUniversity of BristolCanadian Institutes of Health ResearchAmerican Diabetes AssociationNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesSanofi
Mots-clésAdiponectinSingle-nucleotide polymorphismGenome-wide association studyBiologySNPOdds ratioInternal medicineType 2 diabetesAlleleGenetic associationEndocrinologyGeneticsDiabetes mellitusInsulin resistanceMedicineGenotypeGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The adipocyte-derived protein adiponectin is highly heritable and inversely associated with risk of type 2 diabetes mellitus (T2D) and coronary heart disease (CHD). We meta-analyzed 3 genome-wide association studies for circulating adiponectin levels (n = 8,531) and sought validation of the lead single nucleotide polymorphisms (SNPs) in 5 additional cohorts (n = 6,202). Five SNPs were genome-wide significant in their relationship with adiponectin (P< or =5x10(-8)). We then tested whether these 5 SNPs were associated with risk of T2D and CHD using a Bonferroni-corrected threshold of P< or =0.011 to declare statistical significance for these disease associations. SNPs at the adiponectin-encoding ADIPOQ locus demonstrated the strongest associations with adiponectin levels (P-combined = 9.2x10(-19) for lead SNP, rs266717, n = 14,733). A novel variant in the ARL15 (ADP-ribosylation factor-like 15) gene was associated with lower circulating levels of adiponectin (rs4311394-G, P-combined = 2.9x10(-8), n = 14,733). This same risk allele at ARL15 was also associated with a higher risk of CHD (odds ratio [OR] = 1.12, P = 8.5x10(-6), n = 22,421) more nominally, an increased risk of T2D (OR = 1.11, P = 3.2x10(-3), n = 10,128), and several metabolic traits. Expression studies in humans indicated that ARL15 is well-expressed in skeletal muscle. These findings identify a novel protein, ARL15, which influences circulating adiponectin levels and may impact upon CHD risk.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,065
Tête enseignante GPT0,327
Écart entre enseignants0,262 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations172
Publié2009
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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