A multiplex real-time PCR method for presumptive identification of NAP1 clone of Clostridium difficile from stools
Notice bibliographique
Résumé
Background: Clostridium difficile infection (CDI) is the leading cause of nosocomial diarrhea in adults and paediatric patients. There has been significant morbidiity and mortality related to CDI due to the presence of hypervirulent strain (NAP1) associated with unregulated production of toxin. NAP1 has been responsible for a number of outbreaks in many countries. Rapid detection for the presence of NAP1 is essential for appropriate patient management and to minimize nosocomial transmission. Currently, pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) and repetitive sequence-based (REP-PCR) methods which require bacterial culture have been used to identify NAP1. A 18 bp deletion in the tcdC gene and the presence of cdtA gene (binary toxin) have been shown to be associated with NAP1. We describe a rapid multiplex real-time PCR method for presumptive identification of NAP1. Methods: Ninety blinded frozen stool samples previously tested for toxin A/B by CD TOX A/B® II EIA (TechLab, Inverness Medical) were used. A fragment of tcdC flanking the 18 bp deletion (surrogate marker for tcdA/tcdB), cdtA, and 16S rDNA (internal control) genes were amplified using Multiplex QuantiTechTM (Qiagen, Inc.) and detected by TaqMan probes. ProGastroTM (Prodesse, Inc.) kit that detects tcdB was used for comparison. DNA from stools were extracted using easyMAG (BioMerieux Inc) and tested accodring to manufacturers’ specifications. Five !l of the same DNA was used for the in-house method. Both real-time PCR amplifications were done in a Rotor-Gene 6000 (Corbette, Inc.). PCR products from both tcdC and cdtA positive samples were separated on agarose gels to detect tcdC deletion. Results: DNA from 85 specimens were positive for tcdC (toxigenic) and 53 of those showed the presence of cdtA gene (presumptive NAP1). DNA from none of the specimens were positive for cdtA only.The tcdB detection by ProGastroCDTM was concordant with the detection of tcdC. Gel electrophoresis of all tcdC and cdtA positive PCR products detected the 18 bp deletion in the tcdC amplicon and were confirmed as NAP1 by PFGE. All cdtA negative DNA samples were negative for 18 bp deletion in the tcdC. Conclusion: Detection of toxigenic strains by the in-house method is comparable to the commercial assay and it presumptively identified the presence of NAP1. Abstracts for SupplementInternational Journal of Infectious DiseasesVol. 14Preview Full-Text PDF Open Archive
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».