A genome scan in a single pedigree with a high prevalence of multiple sclerosis
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Multiple sclerosis (MS) is a disease that is widely believed to be autoimmune in nature. Genetic-epidemiological studies implicate susceptibility genes in the pathogenesis of MS, although non-MHC susceptibility linkages have been difficult to confirm. Insight into pathways that are intrinsic to other complex diseases has come from the genetic analysis of large, autosomal-dominant kindreds. Here, we present a genetic study of a large and unique kindred in which MS appears to follow an autosomal-dominant pattern of inheritance, with consistent penetrance in four generations. METHODS: Eighty-two individuals of this 370-member family were genotyped with 681 microsatellite markers spanning the genome, with an average spacing of 5.3 cM. RESULTS: Parametric linkage analysis was performed and no significant LOD score (LOD >3.3) was observed. For a rare dominant disease model with reduced penetrance, 99.6% of the genome was excluded at a LOD score <-1 and 96% at a LOD score <-2. The HLA-DRB1 candidate gene was also genotyped by allele-specific methods. In each instance where at least one parent was positive for HLA-DRB1*15, one or more HLA-DRB1*15 alleles were transmitted to the affected offspring (11/11). HLA-DRB1*15 was transmitted equally from both the familial and the married-in parents and therefore this locus does not appear to be an autosomal-dominant acting gene in this family but an important modifier of risk. CONCLUSIONS: These results further stress the importance of the HLA-DRB1*15-bearing haplotype in determining MS susceptibility. Furthermore, this study highlights the complexity of MS genetics, even in the presence of a single family, seemingly segregating MS as an autosomal-dominant trait.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».