Genetic diversity of loquat germplasm (<i>Eriobotrya japonica</i> (Thunb) Lindl) assessed by SSR markers
Notice bibliographique
Résumé
Genetic relationships among 40 loquat (Eriobotrya japonica (Thunb) Lindl) accessions that originated from different countries and that are part of the germplasm collection of the Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias (IVIA) (Valencia, Spain) were evaluated using microsatellites. Thirty primer pairs flanking microsatellites previously identified in Malus x domestica (Borkh.) were assayed. Thirteen of them amplified polymorphic products and unambiguously distinguished 34 genotypes from the 40 accessions analyzed. Six accessions showing identical marker patterns were Spanish local varieties thought to have been derived from 'Algerie' by a mutational process very common in loquat species. A total of 39 alleles were detected in the population studied, with a mean value of 2.4 alleles per locus. The expected and observed heterozygosities were 0.46 and 51% on average, respectively, leading to a negative value of the Wright's fixation index (-0.20). The values of these parameters indicate a smaller degree of genetic diversity in the set of loquat accessions analyzed than in other members of the Rosaceae family. Unweighted pair-group method (UPGMA) cluster analysis, based on Nei's genetic distance, generally grouped genotypes according to their geographic origins and pedigrees. The high number of alleles and the high expected heterozygosity detected with SSR markers developed in Malus x domestica (Borkh.) make them a suitable tool for loquat cultivar identification, confirming microsatellite marker transportability among genera in the Rosaceae family.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».