Molecular Dynamics Simulations of Peptides from the Central Domain of Smooth Muscle Caldesmon
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Notice bibliographique
Résumé
The central domain of smooth muscle caldesmon contains a highly charged region consisting of ten 13-residue repeats. Experimental evidence obtained from the intact protein and fragments thereof suggests that this entire region forms a single stretch of stable alpha-helix. We have carried out molecular dynamics simulations on peptides consisting of one, two and three repeats to examine the mechanism of alpha-helical stability of the central domain at the atomic level. All three peptides show high helical stability on the timescale of the MD simulations. Deviations from alpha-helical structure in all the simulations arise mainly from the formation of long stretches of pi-helix. Interconversion between alpha-helical and pi-helical conformations occurs through insertion of water molecules into alpha-helical hydrogen bonds and subsequent formation of reverse turns. The alpha-helical structure is stabilized by electrostatic interactions (salt bridges) between oppositely charged sidechains with i,i+4 spacings, while the pi-helix is stabilized by i,i+5 salt bridge interactions. Possible i,i+3 salt bridges are of minor importance. There is a strong preference for salt bridges with a Glu residue N-terminal to a basic sidechain as compared to the opposite orientation. In the double and triple repeat peptides, strong i,i+4 salt bridges exist between the last Glu residue of one repeat and the first Lys residue of the next. This demonstrates a relationship between the repetitive nature of the central domain sequence and its ability to form very long stretches of alpha-helical structure.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle