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Enregistrement W2137958315 · doi:10.1038/ncomms5074

The impact of the metabotropic glutamate receptor and other gene family interaction networks on autism

2014· article· en· W2137958315 sur OpenAlexaff
Dexter Hadley, Zhi-liang Wu, Charlly Kao, Akshata Kini, Alisha Mohamed-Hadley, Kelly Thomas, Lyam Vazquez, Haijun Qiu, Frank Mentch, Renata Pellegrino, Cecilia Kim, John J. Connolly, Dalila Pinto, Alison Merikangas, Lambertus Klei, Jacob Vorstman, Ann Thompson, Regina Regan, Alistair T. Pagnamenta, Bárbara Oliveira, Tiago R. Magalhães, John R. Gilbert, Eftichia Duketis, Maretha Jonge, Michael L. Cuccaro, Catarina Correia, Judith Conroy, Inês C. Conceição, Andreas G. Chiocchetti, Jillian P. Casey, Nadia Bolshakova, Elena Bacchelli, Richard Anney, Lonnie Zwaigenbaum, Kerstin Wittemeyer, Simon Wallace, Hermán van Engeland, Latha Soorya, Bernadette Rogé, Wendy Roberts, Fritz Poustka, Susana Mouga, Nancy J. Minshew, Susan G. McGrew, Catherine Lord, Marion Leboyer, Ann S. Couteur, Alexander Kolevzon, Suma Jacob, Stephen J. Guter, Jonathan Green, Andrew Green, Bridget A. Fernandez, Frederico Duque, Richard Delorme, Géraldine Dawson, Cátia Café, S. Brennan, Thomas Bourgeron, Patrick Bolton, Sven Bölte, Raphael Bernier, Gillian Baird, Anthony Bailey, Evdokia Anagnostou, Joana Almeida, Ellen M. Wijsman, Veronica J. Vieland, Astrid M. Vicente, Gerard D. Schellenberg, Margaret A. Pericak‐Vance, Andrew D. Paterson, Jeremy Parr, Guiomar Oliveira, John I. Nürnberger, Anthony P. Monaco, Elena Maestrini, Sabine M. Klauck, Håkon Håkonarson, Jonathan L. Haines, Daniel H. Geschwind, Christine M. Freitag, Susan E. Folstein, Sean Ennis, Hilary Coon, Agatino Battaglia, Péter Szatmári, James S. Sutcliffe, Joachim Hallmayer, Michael Gill, Edwin H. Cook, Joseph D. Buxbaum, Bernie Devlin, Louise Gallagher, Catalina Betancur, Stephen W. Scherer, Joseph Glessner

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueAutism Spectrum Disorder Research
Établissements canadiensHolland Bloorview Kids Rehabilitation HospitalMemorial University of NewfoundlandPublic Health OntarioHospital for Sick ChildrenUniversity of AlbertaUniversity of TorontoMcMaster University
Organismes subventionnairesNational Human Genome Research InstituteNational Institute of Mental HealthNational Institute for Health and Care ResearchChildren's Hospital of PhiladelphiaAutism Speaks
Mots-clésMetabotropic glutamate receptor 3Metabotropic glutamate receptorDruggabilityGeneAutismBiologyMetabotropic glutamate receptor 5Glutamate receptorGene familyInteraction networkGeneticsNeuroscienceReceptorMedicinePsychiatryGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Although multiple reports show that defective genetic networks underlie the aetiology of autism, few have translated into pharmacotherapeutic opportunities. Since drugs compete with endogenous small molecules for protein binding, many successful drugs target large gene families with multiple drug binding sites. Here we search for defective gene family interaction networks (GFINs) in 6,742 patients with the ASDs relative to 12,544 neurologically normal controls, to find potentially druggable genetic targets. We find significant enrichment of structural defects (P ≤ 2.40E-09, 1.8-fold enrichment) in the metabotropic glutamate receptor (GRM) GFIN, previously observed to impact attention deficit hyperactivity disorder (ADHD) and schizophrenia. Also, the MXD-MYC-MAX network of genes, previously implicated in cancer, is significantly enriched (P ≤ 3.83E-23, 2.5-fold enrichment), as is the calmodulin 1 (CALM1) gene interaction network (P ≤ 4.16E-04, 14.4-fold enrichment), which regulates voltage-independent calcium-activated action potentials at the neuronal synapse. We find that multiple defective gene family interactions underlie autism, presenting new translational opportunities to explore for therapeutic interventions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,009

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,033
Tête enseignante GPT0,351
Écart entre enseignants0,318 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations62
Publié2014
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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