Comparison of Predicted Epimerases and Reductases of the Campylobacter jejuni d-altro- and l-gluco-Heptose Synthesis Pathways
Notice bibliographique
Résumé
Uniquely modified heptoses found in surface carbohydrates of bacterial pathogens are potential therapeutic targets against such pathogens. Our recent biochemical characterization of the GDP-6-deoxy-d- manno - and GDP-6-deoxy-d- altro -heptose biosynthesis pathways has provided the foundation for elucidation of the more complex l- gluco -heptose synthesis pathway of Campylobacter jejuni strain NCTC 11168. In this work we use GDP-4-keto,6-deoxy-d- lyxo -heptose as a surrogate substrate to characterize three enzymes predicted to be involved in this pathway: WcaG NCTC (also known as Cj1427), MlghB (Cj1430), and MlghC (Cj1428). We compare them with homologues involved in d- altro -heptose production: WcaG 81176 (formerly WcaG), DdahB (Cjj1430), and DdahC (Cjj1427). We show that despite high levels of similarity, the enzymes have pathway-specific catalytic activities and substrate specificities. MlghB forms three products via C3 and C5 epimerization activities, whereas its DdahB homologue only had C3 epimerase activity along its cognate pathway. MlghC is specific for the double C3/C5 epimer generated by MlghB and produces l- gluco -heptose via stereospecific C4 reductase activity. In contrast, its homologue DdahC only uses the C3 epimer to yield d- altro -heptose via C4 reduction. Finally, we show that WcaG NCTC is not necessary for l- gluco -heptose synthesis and does not affect its production by MlghB and MlghC, in contrast to its homologue WcaG 81176 , that has regulatory activity on d- altro -heptose synthesis. These studies expand our fundamental understanding of heptose modification, provide new glycobiology tools to synthesize novel heptose derivatives with biomedical applications, and provide a foundation for the structure function analysis of these enzymes. Background: Modified heptoses are important for bacterial virulence. Results: We characterized novel l- gluco -heptose synthesis enzymes from Campylobacter jejuni and compared their specificity with d- altro -heptose synthesis enzymes. Conclusion: Significant differences of activities and specificities were observed despite high sequence similarities. Significance: The versatility of the enzymes can be exploited to synthesize novel carbohydrates for technological applications and to develop therapeutic inhibitors.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».