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Enregistrement W2138070967 · doi:10.1091/mbc.e11-01-0084

The peroxin Pex34p functions with the Pex11 family of peroxisomal divisional proteins to regulate the peroxisome population in yeast

2011· article· en· W2138070967 sur OpenAlexafffund
Robert J. Tower, Andrei Fagarasanu, John D. Aitchison, Richard A. Rachubinski

Notice bibliographique

RevueMolecular Biology of the Cell · 2011
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePeroxisome Proliferator-Activated Receptors
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesCanadian Institutes of Health ResearchNational Institutes of HealthMinistry of Advanced Education, Government of AlbertaHoward Hughes Medical Institute
Mots-clésPeroxisomeBiologyOrganelleSaccharomyces cerevisiaeCell biologyBiogenesisYeastBiochemistryProtein familyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Peroxisomes are ubiquitous organelles involved in diverse metabolic processes, most notably the metabolism of lipids and the detoxification of reactive oxygen species. Peroxisomes are highly dynamic and change in size and number in response to both intra- and extracellular cues. In the yeast Saccharomyces cerevisiae, peroxisome growth and division are controlled by both the differential import of soluble matrix proteins and a specialized divisional machinery that includes peroxisome-specific factors, such as members of the Pex11 protein family, and general organelle divisional factors, such as the dynamin-related protein Vps1p. Global yeast two-hybrid analyses have demonstrated interactions between the product of the S. cerevisiae gene of unknown function, YCL056c, and Pex proteins involved in peroxisome biogenesis. Here we show that the protein encoded by YCL056c, renamed Pex34p, is a peroxisomal integral membrane protein that acts independently and also in concert with the Pex11 protein family members Pex11p, Pex25p, and Pex27p to control the peroxisome populations of cells under conditions of both peroxisome proliferation and constitutive peroxisome division. Yeast two-hybrid analysis showed that Pex34p interacts physically with itself and with Pex11p, Pex25p, and Pex27p but not with Vps1p. Pex34p can act as a positive effector of peroxisome division as its overexpression leads to increased numbers of peroxisomes in wild type and pex34Δ cells. Pex34p requires the Pex11 family proteins to promote peroxisome division. Our discovery of Pex34p as a protein involved in the already complex control of peroxisome populations emphasizes the necessity of cells to strictly regulate their peroxisome populations to be able to respond appropriately to changing environmental conditions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,054
Score d'incertitude au seuil0,432

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,209
Écart entre enseignants0,202 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations58
Publié2011
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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