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Enregistrement W2138080141 · doi:10.1128/jb.01571-06

RpoS Expression and the General Stress Response in <i>Azotobacter vinelandii</i> during Carbon and Nitrogen Diauxic Shifts

2007· article· en· W2138080141 sur OpenAlexafffund
James R. Sandercock, William Page

Notice bibliographique

RevueJournal of Bacteriology · 2007
Typearticle
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueMicrobial Community Ecology and Physiology
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésrpoSAzotobacter vinelandiiBiologySigma factorMutantAzotobacteraceaeBiochemistryWild typeMicrobiologyBacteriaGene expressionGeneticsGenePromoterNitrogen fixationNitrogenase

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The general stress response mediated by the sigma factor RpoS is important for survival of bacteria in adverse environments. A mutant unable to produce RpoS was constructed using the diazotrophic bacterium Azotobacter vinelandii strain UW. Under nondesiccating, solid-medium growth conditions the wild type was culturable for 16.5 years, while the rpoS mutant remained viable for only 10 months. The rpoS mutant exhibited reduced survival compared to the wild type following hydrogen peroxide stress, and stationary phase cells were killed rapidly by 15 mM H2O2. Three catalases (Kat1, Kat2, and Kat3) were expressed in the wild type under the conditions used. Kat2 was expressed in exponential phase during shake flask growth and could be induced under highly aerated conditions in all growth phases, suggesting that there was induction by reactive oxygen intermediates. Kat3 was possibly an isoform of Kat2. In contrast, Kat1 was expressed in an RpoS-dependent manner during the mid-exponential to late stationary phases. RpoS expression did not occur exclusively in stationary phase but was influenced by changes in carbon and nitrogen source availability. There was 26- to 28-fold induction of the RpoS protein during acetate-to-glucose and ammonium-to-N2 diauxic shifts. Following recovery of growth on the alternative carbon or nitrogen source, RpoS protein concentrations declined rapidly to a basal level. However, rpoS mRNA levels did not correlate directly to RpoS levels, suggesting that there was posttranscriptional regulation. Evidence obtained using the RpoS-dependent reporter Kat1 suggested that there is regulation of the RNAP:RpoS holoenzyme at the level of complex formation or activity.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,221
Écart entre enseignants0,215 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations16
Publié2007
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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