Comparative QSAR- and Fragments Distribution Analysis of Drugs, Druglikes, Metabolic Substances, and Antimicrobial Compounds
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Notice bibliographique
Résumé
A number of binary QSAR models have been developed using methods of artificial neural networks, k-nearest neighbors, linear discriminative analysis, and multiple linear regression and have been compared for their ability to recognize five types of chemical compounds that include conventional drugs, inactive druglikes, antimicrobial substituents, and bacterial and human metabolites. Thus, 20 binary classifiers have been created using a variety of 'inductive' and traditional 2D QSAR descriptors which allowed up to 99% accurate separation of the studied groups of activities. The comparison of the performance by four computational approaches demonstrated that the neural nets result in generally more accurate predictions, followed closely by k-nearest neighbors methods. It has also been demonstrated that complementation of 'inductive' descriptors with conventional QSAR parameters does not generally improve the quality of resulting solutions, conforming high predictive ability of 'inductive' variables. The conducted comparative QSAR analysis based on a novel linear optimization approach has helped to identify the extent of overlapping between the studied groups of compounds, such as cross-recognition of bacterial metabolites and antimicrobial compounds reflecting their immanent resemblance and similar origin. Human metabolites have been characterized as a very distinctive class of substances, separated from all other groups in the descriptors space and exhibiting different QSAR behavior. The analysis of unique structural fragments and substituents revealed inhomogeneous scale-free organization of human metabolites illustrating the fact that certain molecular scaffolds (such as sugars and nucleotides) may be strongly favored by natural evolution. The established scale-free organization of human metabolites has been contemplated as a factor of their unique positioning in the descriptors space and their distinctive QSAR properties. It is anticipated that the study may bring additional insight into QSAR determinants for conventional drugs, inactive chemicals, and metabolic substances and may help in rationalizing design and discovery of novel antimicrobials and human therapeutics with improved, metabolite-like properties.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle