Multilocus nested haplotype networks extended with DNA fingerprints show common origin and fine‐scale, ongoing genetic divergence in a wild microbial metapopulation
Notice bibliographique
Résumé
Nested haplotype networks for three loci in a haploid, fungal plant pathogen, Sclerotinia sclerotiorum, in two natural, Norwegian populations of the woodland buttercup, Ranunculus ficaria, were extended with DNA fingerprints to determine fine-scale population divergence. To preserve the cladistic structure in the network for both nonrecombinant and postrecombinant haplotypes in highly recombinant clades, recombinant events were not removed ('peeled off'), but instead were examined in alternative (marginal) networks. Fungi from both sampling locations share a common origin with subsequent genetic divergence, consistent with expectations for metapopulation structure. Evidence for divergence includes (i) lack of shared fingerprints between the two locations, (ii) evolution of new fingerprints, via transposition and recombination, within 2 years on a fine spatial scale within one sampling location, and (iii) increase in the size of the intergenic spacer (IGS) in both sampling locations. Sites of microsatellite repeat expansion and of an insertion were consistent with the boundaries of two recombination blocks in the IGS. Both alternative networks based on the recombination blocks were essential to finding all associations of DNA fingerprints with IGS size, sampling site, sampling year and mycelial compatibility group. Variation in the elongation factor 1alpha and calmodulin loci supported the topologies and the recurrent, ongoing polarity of change in fingerprints and IGS size inferred from the IGS.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».