Identification of Genes Involved in the Toxic Response of Saccharomyces cerevisiae against Iron and Copper Overload by Parallel Analysis of Deletion Mutants
Notice bibliographique
Résumé
Iron and copper are essential nutrients for life as they are required for the function of many proteins but can be toxic if present in excess. Accumulation of these metals in the human body as a consequence of overload disorders and/or high environmental exposures has detrimental effects on health. The budding yeast Saccharomyces cerevisiae is an accepted cellular model for iron and copper metabolism in humans primarily because of the high degree of conservation between pathways and proteins involved. Here we report a systematic screen using yeast deletion mutants to identify genes involved in the toxic response to growth-inhibitory concentrations of iron and copper sulfate. We aimed to understand the cellular responses to toxic concentrations of these two metals by analyzing the different subnetworks and biological processes significantly enriched with these genes. Our results indicate the presence of two different detoxification pathways for iron and copper that converge toward the vacuole. The product of several of the identified genes in these pathways form molecular complexes that are conserved in mammals and include the retromer, endosomal sorting complex required for transport (ESCRT) and AP-3 complexes, suggesting that the mechanisms involved can be extrapolated to humans. Our data also suggest a disruption in ion homeostasis and, in particular, of iron after copper exposure. Moreover, the identification of treatment-specific genes associated with biological processes such as DNA double-strand break repair for iron and tryptophan biosynthesis for copper suggests differences in the mechanisms by which these two metals are toxic at high concentrations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».