Molecular Characteristics of Travel-Related Extended-Spectrum-β-Lactamase-Producing <i>Escherichia coli</i> Isolates from the Calgary Health Region
Notice bibliographique
Résumé
Extended-spectrum-beta-lactamase (ESBL)-producing Escherichia coli has recently emerged as a major risk factor for community-acquired, travel-related infections in the Calgary Health Region. Molecular characterization was done on isolates associated with infections in returning travelers using isoelectric focusing, PCR, and sequencing for bla(CTX-M)s, bla(TEM)s, bla(SHV)s, bla(OXA)s, and plasmid-mediated quinolone resistance determinants. Genetic relatedness was determined with pulsed-field gel electrophoresis using XbaI and multilocus sequence typing (MLST). A total of 105 residents were identified; 6/105 (6%) presented with hospital-acquired infections, 9/105 (9%) with health care-associated community-onset infections, and 90/105 (86%) with community-acquired infections. Seventy-seven of 105 (73%) of the ESBL-producing E. coli isolates were positive for bla(CTX-M) genes; 55 (58%) produced CTX-M-15, 13 (14%) CTX-M-14, six (6%) CTX-M-24, one (1%) CTX-M-2, one (1%) CTX-M-3, and one (1%) CTX-M-27, while 10 (10%) produced TEM-52, three (3%) TEM-26, 11 (11%) SHV-2, and four (4%) produced SHV-12. Thirty-one (30%) of the ESBL-producing E. coli isolates were positive for aac(6')-Ib-cr, and one (1%) was positive for qnrS. The majority of the ESBL-producing isolates (n = 95 [90%]) were recovered from urine samples, and 83 (87%) were resistant to ciprofloxacin. The isolation of CTX-M-15 producers belonging to clone ST131 was associated with travel to the Indian subcontinent (India, Pakistan), Africa, the Middle East, and Europe, while clonally unrelated strains of CTX-M-14 and -24 were associated with travel to Asia. Our study suggested that clone ST131 coproducing CTX-M-15, OXA-1, TEM-1, and AAC(6')-Ib-cr and clonally unrelated CTX-M-14 producers have emerged as important causes of community-acquired, travel-related infections.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».