Assessing the accuracy of a polymerase chain reaction test for Ichthyophonus hoferi in Yukon River Chinook salmon Oncorhynchus tshawytscha
Notice bibliographique
Résumé
Ichthyophonus hoferi Plehn & Mulsow, 1911, is a cosmopolitan, protistan pathogen of marine fishes. It is prevalent in mature returning Chinook salmon Oncorhynchus tshawytscha in the Yukon River watershed, and may be associated with prespawning mortality. We developed and evaluated a polymerase chain reaction (PCR) test for I. hoferi using primers specific to the parasite's small subunit rDNA. The test has a minimum detection limit of approximately 10(-5) parasite spores per reaction and does not cross-react with the closely related salmon parasites Dermocystidium salmonis or Sphaerothecum destruens. Sensitivity and specificity of the PCR test used on somatic muscle and heart tissue for detecting infected fish were determined using 334 Chinook salmon collected from the Yukon River at 2 locations (Tanana and Emmonak) in 2003 and 2004. The true infection status of the fish was determined by testing somatic muscle, heart and kidney tissue using histological evaluation, culture, and PCR. The severity of infection was grouped into 2 categories, light and heavy infection. The probability of detecting a heavily infected fish (sensitivity of the test) was generally much higher than the probability of detecting light infection, suggesting that more than one tissue and/or method should be used to accurately detect light or early infection by I. hoferi. The probability of correctly identifying a negative fish (specificity of the test) was always greater than 94% regardless of the tissue used, infection severity, sampling site or year of collection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».