Comparison of HER2/<i>neu</i>Status Assessed by Quantitative Polymerase Chain Reaction and Immunohistochemistry
Notice bibliographique
Résumé
We prospectively evaluated a series of 254 breast cancers by quantitative polymerase chain reaction (PCR) and immunohistochemistry using 3 antibodies: HercepTest, CB11, and TAB250. DNA was extracted from a 10-micron tumor section for PCR, and 4-micron serial sections were taken from the same block for immunohistochemistry. The immunohistochemical results were scored using a semiquantitative immunohistochemical system. A positive tumor by immunohistochemistry had a score of 5 or more. The manufacturer's recommended scoring system was used for the HercepTest. Tumors were positive for gene amplification if the ratio of the HER2/neu gene to control gene after normalization was 2 or more. Of 254 cases, 61 showed gene amplification. For immunohistochemistry, 23% of tumors were positive with CB11, 27% with TAB250, and 37% with the HercepTest. Results for each antibody were compared with PCR results. The overall concordance for the HercepTest was 82%, which was significantly lower than that for CB11 (88%) or TAB250 (87%). The specificity for the HercepTest was 80% compared with 90% for TAB250 and 93% for CB11, while the positive predictive value for the HercepTest was 57% compared with 71% and 76% for TAB250 and CB11, respectively.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».