Characterizing degradation products of peptides containing N‐terminal Cys residues by (off‐line high‐performance liquid chromatography)/matrix‐assisted laser desorption/ionization quadrupole time‐of‐flight measurements
Notice bibliographique
Résumé
A transformation analogous to the well-known conversion of an N-terminal glutamine residue to pyroglutamic acid is the cyclization of an N-terminal carboxyamidomethylated cysteine residue (the normal product of alkylation with iodoacetamide). This yields 5-oxothiomorpholine-3-carboxylic acid, with the same 17 Da mass loss observed in the Gln reaction. Nineteen tryptic peptides with Cys at the N-terminal were identified for this study, and compared with eight with N-terminal Gln. When examined by MALDI-QqTOF and (off-line HPLC)/MALDI-QqTOF measurements, these were all found to undergo the cyclization reactions. The average degree of degradation during overnight digestion was found to be approximately 51 and approximately 34% for Cys and Gln, respectively; more detailed information on the time course of the reactions was obtained for the peptides CCTESLVNR and QYYTVFDR. Taking this modification into account while sequencing is likely to increase the probability of protein identification by peptide mass fingerprinting, especially for cysteine-rich proteins.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».