Identification of different clonal complexes and diverse amino acid substitutions in penicillin-binding protein 2 (PBP2) associated with borderline oxacillin resistance in Canadian Staphylococcus aureus isolates
Notice bibliographique
Résumé
Borderline oxacillin-resistant Staphylococcus aureus (BORSA) exhibit oxacillin MIC values of 1-8 microg ml(-1), but lack mecA, which encodes the low-affinity penicillin-binding protein (PBP)2a. The relationship of the BORSA phenotype with specific genetic backgrounds was assessed, as well as amino acid sequence variation in the normal PBP2. Among 38 BORSA, 26 had a common PFGE profile of genomic DNA, and were multilocus sequence type (ST)25. The other isolates were genetically diverse. Complete pbp2 sequences were determined for three BORSA, corresponding to ST25, ST1 and ST47, which were selected on the basis of lacking blaZ-encoded beta-lactamase. The essential transpeptidase-domain-encoding segment of pbp2 was also sequenced from seven additional ST25 isolates. Amino acid substitutions occurred in the transpeptidase domain of all BORSA, irrespective of clonal type. A Gln(629)-->Pro substitution was common to all ST25 BORSA, but most could be distinguished from one another by additional unique substitutions in the transpeptidase domain. The ST1 and ST47 isolates also possessed unique substitutions in the transpeptidase domain. Plasmid-mediated expression of pbp2 from an ST25 or ST1 isolate in S. aureus RN6390 increased its oxacillin MIC from 0.25 to 4 microg ml(-1), while pbp2 from a susceptible strain, ATCC 25923, had no effect. Therefore, different amino acid substitutions in PBP2 of diverse BORSA lineages contribute to borderline resistance. The predominant ST25 lineage was not related to any of the five clonal complexes that contain meticillin-resistant S. aureus (MRSA), suggesting that ST25 cannot readily acquire mecA-mediated resistance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».