Validation of a partial<i>rpoB</i>gene sequence as a tool for phylogenetic identification of aeromonads isolated from environmental sources
Notice bibliographique
Résumé
A collection of 50 aeromonads isolated from environmental sources were studied, together with all known Aeromonas nomenspecies, by phenotypic, amplified 16S rDNA restriction analysis (16S rDNA RFLP) and by partial sequence alignment of both 16S rDNA and rpoB genes. Although most of the type strain showed a unique phenotypic pattern, a database constructed on type strain phenotype allowed the identification of only 24% of the isolates. Analysis of 16S rDNA RFLP and the rpoB sequence were almost concordant in identifying environmental isolates at the species level, except for strains belonging to Aeromonas caviae spp., which were not differentiated from Aeromonas aquariorum, nor Aeromonas hydrophila susbsp. dhakensis by 16S rDNA RFLP. In addition, rpoB gene analysis clustered separately a group of isolates found in snails within the A. hydrophila species. In contrast to 16S rDNA RFLP and rpoB, the partial 16S rDNA sequence analysis was weak in resolving species identity. Part of these results, phenotypic and phylogenetic data, showed that Aeromonas molluscorum and Aeromonas sharmana are distant from all other Aeromonas species and that the type species of A. hydrophila subsp. anaerogenes is similar to A. caviae and should be considered synonymous.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».