Evolution and molecular characterization of macrolide-resistant Streptococcus pneumoniae in Canada between 1998 and 2008
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: Studies were performed to assess resistance mechanisms, multidrug resistance (MDR), genetic relatedness, serotype distribution, heptavalent pneumococcal conjugate vaccine (PCV7) coverage and pili virulence factors among macrolide-resistant Streptococcus pneumoniae (MRSP) isolated from respiratory samples submitted to hospital laboratories across Canada from 1998 to 2008. METHODS: Isolates of MRSP (n = 1518) collected by the national surveillance studies CROSS (Canadian Respiratory Organism Susceptibility Study; 1998-2006) and CANWARD (Canadian Ward Surveillance Study; 2007-08) were tested using the CLSI broth microdilution method to establish antimicrobial susceptibilities. PCR was used to detect macrolide resistance genes [mef(A) and erm(B)] and pili virulence factors (type 1 pili and type 2 pili), the Quellung reaction was used to identify serotypes and PFGE was used to determine genetic relatedness. RESULTS: The prevalence of MRSP increased from 8% in 1998 to 22% in 2008 (P = 0.0001). MRSP were 51% mef(A) positive, 36% erm(B) positive, 8% dual mef(A) and erm(B) positive and 5% mef(A) and erm(B) negative. Dual mef(A)- and erm(B)-positive isolates increased in prevalence from 3% in 1998 to 19% in 2008 (P = 0.001). The prevalence of PCV7 serotypes (4, 6B, 9V, 14, 18C, 19F and 23F) decreased from 67% in 1998 to 31% in 2008 (P = 0.0072). The prevalence of serotype 19A, a non-PCV7 serotype, increased by 15% from 1998 to 2008; isolates of serotype 19A were MDR, dual mef(A) and erm(B) positive, genetically related by PFGE and associated with the presence of pili virulence factors. CONCLUSIONS: From 1998 to 2008, respiratory isolates of MRSP in Canada increased significantly due primarily to the emergence and spread of serotypes 6A, 19A and other non-PCV7 serotypes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».