The CC-NBS-LRR Subfamily in <i>Pinus monticola</i>: Targeted Identification, Gene Expression, and Genetic Linkage with Resistance to <i>Cronartium ribicola</i>
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT To investigate disease resistance gene analogs (RGAs) encoding coiled-coil-nucelotide-binding site-leucine-rich repeats (CC-NBS-LRR) proteins in western white pine, degenerate primers targeting the conserved motifs in the NBS domain were designed to amplify RGAs from genomic DNA and cDNA. Sixty-one distinct RGAs were identified with identities to well-known R proteins of the CC-NBS-LRR subfamily. These RGAs exhibited variation of putative amino acid sequences from 13% to 98%, representing a complex CC-NBS-LRR subfamily. A phylogenetic tree constructed from the amino acid sequence alignment revealed that these 61 RGAs were grouped with other CC-NBS-LRR members from angiosperms, and could be further divided into six classes with an identity threshold of 68%. To map RGAs, RGA polymorphisms and a modified amplified fragment length polymorphism (AFLP) method with incorporated sequences from the NBS domain were used to reveal NBS or NBS-AFLP markers. RGA polymorphism study revealed that three off the identified RGAs were not linked to the Cr2 gene imparting resistance to white pine blister rust. However, the AFLP strategy, using bulk segregant analysis (BSA) and haploid segregation analysis, identified 11 NBS-AFLP markers localized in the Cr2 linkage, the closest two to the gene being 0.41 cM and 1.22 cM away at either side. Eight of these markers showed significant amino acid sequence homologies with RGAs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».