Accuracy, Precision, and Consistency of Expert HIV Type 1 Genotype Interpretation: An International Comparison (The GUESS Study)
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Resistance testing is considered standard of care in HIV medicine, but there is no standard interpretation system for genotype tests. We sought to determine how much agreement exists within a group of experts in the interpretation of complex genotypes. METHODS: Genotypes from clinical specimens were sent to an international panel of 12 resistance experts. Phenotypic susceptibility testing of these clinical isolates was performed with antivirogram. Experts predicted phenotype fold change category (<2.5-fold change, 2.5-4.0-fold change, >4.0- to 7.0-fold change, >7.0- to 10-fold change, >10- to 20-fold change, or >20-fold change) and predicted expected drug activity for each of 16 antiretroviral drugs. Experts were also asked to make treatment recommendations on the basis of the genotype. RESULTS: The experts predicted the exact phenotype fold change category correctly 44% of the time, but they varied widely by antiretroviral drug (range, 25%-74%). The highest accuracy was observed for lamivudine (74%) and the nonnucleoside reverse transcriptase inhibitors (66%-69%). Experts generally predicted higher levels of resistance to the remaining nucleoside reverse transcriptase inhibitors than what was found by phenotypic testing. Agreement among experts in predicting phenotype fold change category ranged widely depending on the drug (median agreement, 42% [range, 28%-74%]); the same pattern was observed in predicting expected drug activity (median agreement, 45% [range, 32%-87%]). Experts agreed on treatment recommendations in a median of 79% of instances, and recommendations were consistent over time, with blinded retesting. CONCLUSIONS: Although their ability to predict phenotype from a genotype varied for individual antiretroviral drugs, this expert panel had a high degree of agreement in deriving treatment recommendations from the genotype.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,046 | 0,105 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».