Phylogenetic study of Staphylococcus and Macrococcus species based on partial hsp60 gene sequences
Notice bibliographique
Résumé
A 600 bp partial hsp60 gene sequence has been described previously as a novel genetic marker for species identification and phylogenetic studies within the genus Staphylococcus. In the present study, the 600 bp partial hsp60 gene sequences of 40 validly described Staphylococcus species and subspecies and four Macrococcus species were PCR-amplified and sequenced. Phylogenetic analysis revealed excellent concordance between the unrooted dendrograms based on partial hsp60 and 16S rRNA gene sequences. The genus Macrococcus is clearly separated from the genus Staphylococcus, but is closely related to the 'sciuri group', the only staphylococci that are cytochrome c oxidase-positive. The remaining Staphylococcus species clustered into five broad-based subdivisions, which corresponded to the 'aureus group', the 'epidermidis group', the 'haemolyticus group', the 'saprophyticus group' and the 'intermedius group'. These results agreed remarkably well with the current taxonomy of this diverse family, which is based on classical phenotypic and biochemical testing. Furthermore, pairwise sequence comparisons indicated that the hsp60 gene is more divergent and more discriminatory than the 16S rRNA gene for species differentiation among strains of the genera Staphylococcus and Macrococcus. It is concluded that the hsp60 gene may be an efficient alternative target for taxonomic and phylogenetic studies on members of these genera.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».