Strategies and tools for studying the metabolism and function of γ-aminobutyrate in plants. I. Pathway structure
Notice bibliographique
Résumé
γ-Aminobutyrate (GABA) is a ubiquitous four-C, nonprotein, amino acid that has been linked to stress, signaling, and storage in plants. In this paper, we discuss analytical, enzyme-linked, and colorimetric methods for analyzing GABA and related metabolites, and review tracer evidence for the derivation of GABA from glutamate and its subsequent catabolism to succinic semialdehyde and either succinate or γ-hydroxybutyrate. Also, we describe biochemical, complementation, bioinformatic, recombinant, and modelling strategies for identifying genes and investigating properties of the encoded proteins responsible for transport and metabolism of GABA. For Arabidopsis, evidence supports the involvement of a plasma membrane GABA transporter, a mitochondrial GABA permease, a cytosolic Ca2+/calmodulin- and pH-regulated cytosolic glutamate decarboxylase, a pyruvate- and glyoxylate-regulated mitochondrial GABA transaminase, a redox-regulated mitochondrial succinic semialdehyde dehydrogenase, and redox-regulated glyoxylate/succinic semialdehyde reductases located in both cytosol and plastid, respectively. This simple biochemical model does not account for species and tissue differences in the isoform complement of GABA pathway enzymes or transcriptional control of the pathway. In a companion review, we provide a more integrated view of GABA metabolism and function.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».