Cord blood molecular biomarkers of eosinophilopoiesis: Kinetic analysis of GATA-1, MBP1 and IL-5Rα mRNA expression
Notice bibliographique
Résumé
Eosinophil/basophil (Eo/B) progenitor phenotype and function in cord blood (CB) are associated with atopic risk at birth and infant clinical outcomes. Molecular analyses of eosinophil-basophil differentiation events could identify clinically predictive biomarkers. To determine CB kinetic patterns of Eo/B lineage-associated gene expression (GATA-1, MBP1 and IL-5R alpha) after IL-5 stimulation, CB non-adherent mononuclear cells were isolated from random fresh and frozen samples and incubated in the presence of recombinant human interleukin-5. Some underwent CD34+ positive selection using magnetic cell separation. At various time-points, mRNA expression of GATA-1, MBP1 and IL-5R alpha (total transcripts) was determined utilizing multiplex quantitative polymerase chain reaction (Q-PCR). Relative expression levels of the IL-5R alpha soluble vs. transmembrane isoforms were also analyzed. Stimulation of the non-adherent mononuclear cells with IL-5 resulted in early up-regulation of GATA-1, peaking at 48 h, followed by decreasing expression and down-regulation by 96 h. The CD34+ enriched population demonstrated an equivalent expression pattern (r = 0.963, p = 0.0349). MBP1 mRNA expression [non-adherent mononuclear cells (NAMNCs) and CD34+ alike; r = 0.988, p = 0.012] was slowly up-regulated in response to IL-5, maximal at 96 h. Total IL-5R alpha expression appeared stable over the time-course, mediated by differential expression of the soluble and transmembrane isoforms (i.e., initial increase in the transmembrane contribution followed by a predominance of the soluble isoform by 48-72 h). Multiplex Q-PCR analysis of mRNA from CB demonstrates expression of critical eosinophil-basophil lineage-specific events that are consistent with current understanding of eosinophil differentiation and maturation. The non-adherent mononuclear cell population provides a surrogate signal for the CD34+ progenitor population.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».