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Enregistrement W2139572726 · doi:10.1128/jcm.41.3.1289-1294.2003

<i>Paracoccus yeeii</i> sp. nov. (Formerly CDC Group EO-2), a Novel Bacterial Species Associated with Human Infection

2003· article· en· W2139572726 sur OpenAlexaffabout
Maryam Daneshvar, D G Hollis, Robbin S. Weyant, Arnold G. Steigerwalt, Anne M. Whitney, Michael P. Douglas, John P. MacGregor, Jean G. Jordan, Leonard W. Mayer, Shadi M. Rassouli, Winfried Barchet, C. Munro, Lucas A. Shuttleworth, Kathryn Bernard

Notice bibliographique

RevueJournal of Clinical Microbiology · 2003
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Phylogenetic Studies
Établissements canadiensHealth Canada
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyParacoccus denitrificans16S ribosomal RNAMicrobiologyPhylogenetic treeGenBankBacteriaGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

CDC eugonic oxidizer group 2 (EO-2) is a group of unclassified gram-negative bacterial strains isolated from various human sources. As determined by biochemical tests and analyses of fatty acid compositions, these organisms form a homogeneous group that appears to be distinct from but related to other Paracoccus species. Molecular studies were performed on a set of 13 EO-2 strains from various clinical sources and geographic locations in the United States and Canada to determine their relationship to the Paracoccus genus. Control strains were Paracoccus denitrificans ATCC 17741(T), P. versutus ATCC 25364(T), P. aminophilus ATCC 49673(T), P. solventivorans ATCC 700252(T), and Psychrobacter immobilis ATCC 43116(T), which are phenotypically similar to EO-2. Nearly complete (1,500-base) 16S rRNA gene sequencing of eight EO-2 strains showed a high level of sequence similarity (>99.3%) within the group, and a BLAST search of GenBank placed the EO-2 cluster in close proximity to Paracoccus species (95 to 97% similarity). DNA-DNA hybridization studies of 13 of the EO-2 strains showed all to be related at the species level, with >70% relatedness under stringent conditions and a divergence within the group of less than 2%. None of the Paracoccus control strains hybridized at >54% with any of the EO-2 strains. These results indicate that EO-2 represents a new Paracoccus species, the first isolated from human clinical specimens. A new species, Paracoccus yeeii, is proposed for the EO-2 strains. The type strain of P. yeeii is CDCG1212 (ATCC BAA-599 and CCUG 46822), isolated in Pennsylvania from dialysate of a 77-year-old male with peritonitis.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,870
Score d'incertitude au seuil0,675

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,034
Tête enseignante GPT0,303
Écart entre enseignants0,268 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations72
Publié2003
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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