Structure of Arabidopsis thaliana 5-methylthioribose kinase reveals a more occluded active site than its bacterial homolog
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Metabolic variations exist between the methionine salvage pathway of humans and a number of plants and microbial pathogens. 5-Methylthioribose (MTR) kinase is a key enzyme required for methionine salvage in plants and many bacteria. The absence of a mammalian homolog suggests that MTR kinase is a good target for the design of specific herbicides or antibiotics. RESULTS: The structure of Arabidopsis thaliana MTR kinase co-crystallized with ATPgammaS and MTR has been determined at 1.9 A resolution. The structure is similar to B. subtilis MTR kinase and has the same protein kinase fold observed in other evolutionarily related protein kinase-like phosphotransferases. The active site is comparable between the two enzymes with the DXE-motif coordinating the nucleotide-Mg, the D238 of the HGD catalytic loop polarizing the MTR O1 oxygen, and the RR-motif interacting with the substrate MTR. Unlike its bacterial homolog, however, the Gly-rich loop (G-loop) of A. thaliana MTR kinase has an extended conformation, which shields most of the active site from solvent, a feature that resembles eukaryotic protein kinases more than the bacterial enzyme. The G- and W-loops of A. thaliana and B. subtilis MTR kinase adopt different conformations despite high sequence similarity. The ATPgammaS analog was hydrolyzed during the co-crystallization procedure, resulting in ADP in the active site. This suggests that the A. thaliana enzyme, like its bacterial homolog, may have significant ATPase activity in the absence of MTR. CONCLUSION: The structure of A. thaliana MTR kinase provides a template for structure-based design of agrochemicals, particularly herbicides whose effectiveness could be regulated by nutrient levels. Features of the MTR binding site offer an opportunity for a simple organic salt of an MTR analog to specifically inhibit MTR kinase.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».