Inferring Speciation Times under an Episodic Molecular Clock
Pourquoi ce travail est-il dans la base ?
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Aucune affiliation canadienne. Une base fondée sur la seule affiliation (le devis habituel) n'aurait jamais vu ce travail. C'est l'un des travaux qui justifient l'inversion de la base.
Scores machine (provisoires)
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
- Écart entre enseignants
- 0,246 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
- Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline· tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle
Résumé
We extend our recently developed Markov chain Monte Carlo algorithm for Bayesian estimation of species divergence times to allow variable evolutionary rates among lineages. The method can use heterogeneous data from multiple gene loci and accommodate multiple fossil calibrations. Uncertainties in fossil calibrations are described using flexible statistical distributions. The prior for divergence times for nodes lacking fossil calibrations is specified by use of a birth-death process with species sampling. The prior for lineage-specific substitution rates is specified using either a model with autocorrelated rates among adjacent lineages (based on a geometric Brownian motion model of rate drift) or a model with independent rates among lineages specified by a log-normal probability distribution. We develop an infinite-sites theory, which predicts that when the amount of sequence data approaches infinity, the width of the posterior credibility interval and the posterior mean of divergence times form a perfect linear relationship, with the slope indicating uncertainties in time estimates that cannot be reduced by sequence data alone. Simulations are used to study the influence of among-lineage rate variation and the number of loci sampled on the uncertainty of divergence time estimates. The analysis suggests that posterior time estimates typically involve considerable uncertainties even with an infinite amount of sequence data, and that the reliability and precision of fossil calibrations are critically important to divergence time estimation. We apply our new algorithms to two empirical data sets and compare the results with those obtained in previous Bayesian and likelihood analyses. The results demonstrate the utility of our new algorithms.
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La notice
- Revue
- Systematic Biology
- Thématique
- Evolution and Paleontology Studies
- Domaine
- Earth and Planetary Sciences
- Établissements canadiens
- —
- Organismes subventionnaires
- National Human Genome Research InstituteNatural Environment Research CouncilCanadian Institutes of Health ResearchNational Institutes of HealthNational Science Foundation
- Mots-clés
- Divergence (linguistics)StatisticsBayesian probabilityMarkov chain Monte CarloBiologyPosterior probabilitySampling (signal processing)Bayes' theoremSequence (biology)MathematicsAlgorithmComputer scienceFilter (signal processing)Genetics
- Résumé présent dans OpenAlex
- oui