Prevalence of Borrelia burgdorferi sensu stricto, Borrelia afzelii, Borrelia garinii, and Borrelia valaisiana in Ixodes ricinus ticks from the northwest of Norway
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: Over a 3-y period, Ixodes ricinus ticks were randomly collected to study the prevalence of 4 Borrelia species: B. burgdorferi sensu stricto, B. afzelii, B. garinii and B. valaisiana. While B. burgdorferi s. s., B. afzelii, and B. garinii have been associated with human borreliosis in Norway for several years, B. valaisiana was reported in a Norwegian tick for the first time in 2010. METHODS: A real-time polymerase chain reaction (qPCR) was developed as an easy-to-use method, with high sensitivity and specificity, to detect and genospecies-type B. burgdorferi s. s., B. afzelii, B. garinii, and B. valaisiana in I. ricinus ticks. A combination of species-specific primers and TaqMan MGB probes labelled with fluorescents with different emission spectra, ensured a highly specific method with the potential to detect more than 1 genospecies in 1 run. Sequencing of the housekeeping gene recG from 48 Borrelia-positive samples was used to confirm specificity. Denaturing gradient gel electrophoresis profiling of tick-borne bacteria was used to help optimize the assay sensitivity. RESULTS: The qPCR assay was applied to analyze 1808 I. ricinus ticks collected in the field, which resulted in an overall infection rate of 14.8%, 18.7%, and 14.3% in 2010, 2011, and 2012, respectively. The majority of the Borrelia-infected ticks were infected with B. afzelii. CONCLUSIONS: The overall infection rate is somewhat lower than that reported in the most recent study of the infection rate in southern Norway in 2010, and this study indicates that the infection rate varies from one year to another.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».