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Enregistrement W2139963078 · doi:10.1186/gb-2007-8-3-r30

Analysis of proteomic profiles and functional properties of human peripheral blood myeloid dendritic cells, monocyte-derived dendritic cells and the dendritic cell-like KG-1 cells reveals distinct characteristics

2007· article· en· W2139963078 sur OpenAlexaff
Claire Horlock, Farouk Shakib, Jafar Mahdavi, Nick S. Jones, Herb F. Sewell, Amir M. Ghaemmaghami

Notice bibliographique

RevueGenome biology · 2007
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueImmunotherapy and Immune Responses
Établissements canadiensInstitute of Infection and Immunity
Organismes subventionnairesUniversity of Nottingham
Mots-clésDendritic cellBiologyCell biologyMyeloidAntigen-presenting cellImmune systemCD80ImmunologyProteomeT cellCytotoxic T cellCD40BioinformaticsGeneticsIn vitro

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Dendritic cells (DCs) are specialized antigen presenting cells that play a pivotal role in bridging innate and adaptive immune responses. Given the scarcity of peripheral blood myeloid dendritic cells (mDCs) investigators have used different model systems for studying DC biology. Monocyte-derived dendritic cells (moDCs) and KG-1 cells are routinely used as mDC models, but a thorough comparison of these cells has not yet been carried out, particularly in relation to their proteomes. We therefore sought to run a comparative study of the proteomes and functional properties of these cells. RESULTS: Despite general similarities between mDCs and the model systems, moDCs and KG-1 cells, our findings identified some significant differences in the proteomes of these cells, and the findings were confirmed by ELISA detection of a selection of proteins. This was particularly noticeable with proteins involved in cell growth and maintenance (for example, fibrinogen gamma chain (FGG) and ubiquinol cytochrome c) and cell-cell interaction and integrity (for example, fascin and actin). We then examined the surface phenotype, cytokine profile, endocytic and T-cell-activation ability of these cells in support of the proteomic data, and obtained confirmatory evidence for differences in the maturation status and functional attributes between mDCs and the two DC models. CONCLUSION: We have identified important proteomic and functional differences between mDCs and two DC model systems. These differences could have major functional implications, particularly in relation to DC-T cell interactions, the so-called immunological synapse, and, therefore, need to be considered when interpreting data obtained from model DC systems.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,080
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,003
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,217
Écart entre enseignants0,203 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations37
Publié2007
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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