Datamonkey 2010: a suite of phylogenetic analysis tools for evolutionary biology

2010· article· en· 1 235 citations· W2140028978 sur OpenAlex· 10.1093/bioinformatics/btq429

Pourquoi ce travail est-il dans la base ?

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

Affiliation canadienneUne personne signataire a déclaré un établissement canadien. C'est la seule voie dont dispose la base habituelle.

Organisme subventionnaire canadienUn organisme canadien l'a financé. Le travail peut ne porter aucune affiliation canadienne.

Scores machine (provisoires)

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Tête enseignante Opus0,019

Tête enseignante GPT0,260

Écart entre enseignants: 0,241 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation: score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Résumé

Datamonkey is a popular web-based suite of phylogenetic analysis tools for use in evolutionary biology. Since the original release in 2005, we have expanded the analysis options to include recently developed algorithmic methods for recombination detection, evolutionary fingerprinting of genes, codon model selection, co-evolution between sites, identification of sites, which rapidly escape host-immune pressure and HIV-1 subtype assignment. The traditional selection tools have also been augmented to include recent developments in the field. Here, we summarize the analyses options currently available on Datamonkey, and provide guidelines for their use in evolutionary biology. Availability and documentation: http://www.datamonkey.org.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

La notice

Revue: Bioinformatics
Thématique: Genomics and Phylogenetic Studies
Domaine: Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
Établissements canadiens: AIDS Vancouver
Organismes subventionnaires: National Institute of Allergy and Infectious DiseasesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clés: SuitePhylogenetic treeBiologyIdentification (biology)DocumentationSelection (genetic algorithm)Computer scienceEvolutionary biologyComputational biologyData scienceMachine learningGeneticsGeneEcologyGeographyProgramming language
Résumé présent dans OpenAlex: oui
API: /api/v1/works/W2140028978