Scalable representations of diseases in biomedical ontologies
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The realm of pathological entities can be subdivided into pathological dispositions, pathological processes, and pathological structures. The latter are the bearer of dispositions, which can then be realized by their manifestations - pathologic processes. Despite its ontological soundness, implementing this model via purpose-oriented domain ontologies will likely require considerable effort, both in ontology construction and maintenance, which constitutes a considerable problem for SNOMED CT, presently the largest biomedical ontology. RESULTS: We describe an ontology design pattern which allows ontologists to make assertions that blur the distinctions between dispositions, processes, and structures until necessary. Based on the domain upper-level ontology BioTop, it permits ascriptions of location and participation in the definition of pathological phenomena even without an ontological commitment to a distinction between these three categories. An analysis of SNOMED CT revealed that numerous classes in the findings/disease hierarchy are ambiguous with respect to process vs. disposition. Here our proposed approach can easily be applied to create unambiguous classes. No ambiguities could be defined regarding the distinction of structure and non-structure classes, but here we have found problematic duplications. CONCLUSIONS: We defend a judicious use of disjunctive, and therefore ambiguous, classes in biomedical ontologies during the process of ontology construction and in the practice of ontology application. The use of these classes is permitted to span across several top-level categories, provided it contributes to ontology simplification and supports the intended reasoning scenarios.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle