Potassium ions modulate a G-quadruplex-ribozyme's activity
Notice bibliographique
Résumé
Hepatitis delta virus ribozyme folds into a tightly packed tertiary structure. However, unlike other ribozymes, it does not appear to be able to follow alternative folding pathways. Molecular engineering of the hepatitis delta virus ribozyme led to the development of a ribozyme possessing an endoribonuclease activity that is under the control of a G-quadruplex structure (i.e., a G-quartzyme). This latter species represents an entirely new class of ribozyme. Mutants of this ribozyme were then generated in order to shed light on the modulation of the cleavage activity caused by the presence of the G-quadruplex structure. Kinetic characterization of the G-quartzyme was performed under various single turnover conditions. It was found to be active only in the presence of potassium cations that act as counter ions in the positioning of the four coplanar guanines that form the building block of the G-quadruplex structure. The G-quartzyme behaves as an allosteric ribozyme, with the potassium cations acting as positive effectors with a Hill coefficient of 2.9 +/- 0.2. The conformation transition caused by the presence of the potassium ions is supported by enzymatic and chemical probing of both the inactive (off) and active (on) structures. This study shows that it is possible to interfere with the tight structure of the hepatitis delta virus ribozyme by adding an unusual, stable structure. To our knowledge, the G-quartzyme is the sole ribozyme that exhibits a monovalent cation-dependent activity.
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».