Epidemic of Group A<i>Streptococcus</i>M/<i>emm</i>59 Causing Invasive Disease in Canada
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The incidence of invasive group A Streptococcus (GAS) disease can vary over time and geographic region, possibly reflecting the population's susceptibility to particular strains but also variation in the predominant M/emm types. Canadian surveillance documented an epidemic of an uncommon M/emm59 type from 2006 to 2009. METHODS: Invasive GAS isolates are submitted by Public Health Laboratories in Canada to the National Centre for Streptococcus for M/emm typing. Patient age, sex, geographic location, and the anatomical source of isolate are provided with the isolate. When it was recognized that M/emm59 strains were increasing in prevalence, clinical information was collected on M/emm59 cases captured in Alberta and compared with cases of other M/emm types occurring in this province. RESULTS: From January 2006 through December 2009, 539 (13.0%) of 4150 invasive GAS cases were identified as M/emm59: 164 from British Columbia, 146 from Alberta, 62 from Saskatchewan, 82 from Manitoba, 68 from Ontario, 14 from Quebec, 1 from New Brunswick, 1 from Newfoundland, 1 from Yukon, and 1 from Nunavut. The predominant clinical presentation was bacteremia (45.0%) followed by cellulitis (41.4%). Compared with concurrent cases of invasive GAS disease caused by all other M/emm types, identified risk factors for M/emm59 disease were alcohol abuse (odds ratio [OR], 2.3; 95% confidence interval [CI], 1.4-3.8), homelessness (OR, 2.0; 95% CI, 1.2-3.4), hepatitis C virus infection (OR, 2.0; 95% CI, 1.1-3.5), and illicit drug use (OR, 1.7; 95% CI, 1.0-3.0). CONCLUSIONS: Western Canada has witnessed the rapid emergence of a rare GAS strain causing invasive disease predominately in a select population of disadvantaged persons.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».