Molecular contributions to species boundaries in dicyemid parasites from eastern Pacific cephalopods
Notice bibliographique
Résumé
Dicyemids are enigmatic parasites found within the excretory systems of benthic cephalopods. The phylogenetic position and overall diversity of dicyemids remains poorly understood, in part because current species delimitation criteria are based solely on morphological traits. Understanding the diversity of parasite species is particularly problematic because they tend to be devoid of consistent (informative) morphological traits while simultaneously rich in morphological variation associated with developmental stages and environmental conditions. In this study, we tested the boundaries of currently described morphospecies of dicyemids using molecular phylogenetic data. Variation within sequences of the small subunit (18S) rRNA gene was explored because this marker (1) is known to be fast-evolving in parasitic eukaryotes, (2) is one of the few molecular markers to have been previously sequenced in some dicyemids, and (3) has been used successfully as a DNA barcode in other groups of parasites. Three species of cephalopods were collected, each hosting several different morphospecies of dicyemid parasites. Thirty-four individual dicyemids encompassing eight different morphospecies were isolated and their 18S rDNA sequenced. Molecular phylogenetic analyses of these data were incongruent with current morphology-based species descriptions. The 18S rDNA sequences suggest that each host species of cephalopod harbors one species of dicyemid encompassing a great deal of morphological variation. The addition of DNA sequences to understanding dicyemid diversity clarifies species boundaries in a lineage that is difficult to define in nearly every aspect.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».