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Enregistrement W2140304070 · doi:10.1200/jco.2009.26.8169

TP53 Alterations Determine Clinical Subgroups and Survival of Patients With Choroid Plexus Tumors

2010· article· en· W2140304070 sur OpenAlexafffund
Uri Tabori, Adam Shlien, Berivan Baskin, Sarah Levitt, Peter N. Ray, Noa Alon, Cynthia Hawkins, Éric Bouffet, Małgorzata Pieńkowska, Lucie Lafay‐Cousin, Alexa E. Gozali, Nataliya Zhukova, Lisa Shane, Ignacio Ferreira González, Jonathan L. Finlay, David Malkin

Notice bibliographique

RevueJournal of Clinical Oncology · 2010
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueOcular Oncology and Treatments
Établissements canadiensHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésChoroid plexusMedicineGermlineSingle-nucleotide polymorphismCopy-number variationInternal medicineCancer researchGermline mutationOncologyMdm2PathologyMutationBiologyGeneticsGeneGenotypeGenome

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

PURPOSE Choroid plexus carcinomas are pediatric tumors with poor survival rates and a strong, but poorly understood, association with Li-Fraumeni syndrome (LFS). Currently, with lack of biologic predictors, most children are treated with aggressive chemoradiation protocols. PATIENTS AND METHODS We established a multi-institutional tissue and clinical database, which enabled the analysis of specific alterations of the TP53 tumor suppressor and its modifiers in choroid plexus tumors (CPTs). We conducted high-resolution copy-number analysis to correlate these genetic parameters with family history and outcome. Results We studied 64 patients with CPTs. All individuals with germline TP53 mutations fulfilled LFS criteria, whereas all patients not meeting these criteria harbored wild-type TP53 (P < .001). TP53 mutations were found in 50% of choroid plexus carcinomas (CPCs). Additionally, two sequence variants known to confer TP53 dysfunction, TP53 codon72 and MDM2 SNP309, coexisted in the majority of TP53 wild-type CPCs (92%) and not in TP53 mutated CPC (P = .04), which suggests a complementary mechanism of TP53 dysfunction in the absence of a TP53 mutation. High-resolution single nucleotide polymorphism (SNP) array analysis revealed extremely high total structural variation (TSV) in TP53-mutated CPC tumor genomes compared with TP53 wild-type tumors and choroid plexus papillomas (CPPs; P = .006 and .004, respectively). Moreover, high TSV was associated with significant risk of progression (P < .001). Five-year survival rates for patients with TP53-immunopositive and -immunonegative CPCs were 0% and 82 (+/- 9%), respectively (P < .001). Furthermore, 14 of 16 patients with TP53 wild-type CPCs are alive without having received radiation therapy. CONCLUSION Patients with CPC who have low tumor TSV and absence of TP53 dysfunction have a favorable prognosis and can be successfully treated without radiation therapy.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,045
Score d'incertitude au seuil0,602

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,068
Tête enseignante GPT0,438
Écart entre enseignants0,370 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations245
Publié2010
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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