Notice bibliographique
Résumé
In eukaryotes with the universal genetic code a single class I release factor (eRF1) most probably recognizes all stop codons (UAA, UAG and UGA) and is essential for termination of nascent peptide synthesis. It is well established that stop codons have been reassigned to amino acid codons at least three times among ciliates. The codon specificities of ciliate eRF1s must have been modified to accommodate the variant codes. In this study we have amplified, cloned and sequenced eRF1 genes of two hypotrichous ciliates, Oxytricha trifallax (UAA and UAG for Gln) and Euplotes aediculatus (UGA for Cys). We also sequenced/identified three protist and two archaeal class I RF genes to enlarge the database of eRF1/aRF1s with the universal code. Extensive comparisons between universal code eRF1s and those of Oxytricha, Euplotes, and Tetrahymena which represent three lineages that acquired variant codes independently, provide important clues to identify stop codon-binding regions in eRF1. Domain 1 in the five ciliate eRF1s, particularly the TASNIKS heptapeptide and its adjacent region, differs significantly from domain 1 in universal code eRF1s. This observation suggests that domain 1 contains the codon recognition site, but that the mechanism of eRF1 codon recognition may be more complex than proposed by Nakamura et al. or Knight and Landweber.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».