Prediction of susceptible biomarkers for end stage renal disease among North Indians
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
AIM: Involvement of pro-inflammatory genes has been correlated with basic kidney diseases and end stage renal disease (ESRD). However, results at odds were often noted from such independent association studies. This study proposes a genome wide analysis approach to predict ESRD risk associated genes. METHODS: We included 42 single nucleotide polymorphisms (SNPs) showing association among north Indian ESRD cases and controls. ESRD cases comprised chronic glomerulonephritis (CGN), chronic interstitial nephritis (CIN), hypertension (HTN) and autosomal dominant polycystic kidney disease (ADPKD). Genotyping data obtained from our prior published reports were compared with Genome-Wide Association Studies (GWAS) SNPs retrieved from HapMap and GWASCentral databases using R-statistical package SNPAssoc. Linkage disequilibrium (LD), gene-gene interaction, classification and regression tree (CART) and pathway analysis were carried out in the present study supplemented with IL-6 and TNF-α levels estimation using enzyme linked immunosorbent assay (ELISA). RESULTS: Comparison of genotyping data with GWAS SNPs revealed significant associations for interleukin (IL)1-RN, IL-6, MTHFR, tumour necrosis factor-α (TNF-α) and CCR3 genes with ESRD. Nine SNPs were commonly associated with CGN, CIN, HTN, ADPKD and ESRD. LD (D = 0.9) and gene-gene interaction (P = 0.0002) analyses revealed significant associations for IL-6 and TNF-α genes. In a consistent manner, CART analysis and functional analysis servers predict predisposing effects for TNF-α and IL-6 with ESRD. Finally, higher body circulating levels were observed for mutant TNF-α and IL-6 alleles among ESRD. CONCLUSION: The study indicates significance for IL-6 and TNF-α gene with basic kidney diseases and ESRD. Extensive statistical tests, pathway analysis and functional assays also reflect attenuated level of significance for these SNPs. In future these may be brought from bench side to clinical practice as diagnostic biomarkers upon external and prospective replication and confirmation among other cohorts.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle