Multiplex PCR detection of clinical and environmental strains of<i>Vibrio vulnificus</i>in shellfish
Notice bibliographique
Résumé
In this study, we developed a PCR-based rapid detection method for clinically important pathogenic strains of Vibrio vulnificus. Positive amplification of the 504-bp viuB fragment was seen in all 22 clinical isolates tested but only in 8 out of 33 environmental isolates. The combination of the species-specific 205-bp vvh fragment along with viuB in a multiplexed PCR enabled us to confirm the presence of potentially pathogenic strains of V. vulnificus. No amplification of other Vibrio spp. or non-Vibrio bacteria was evidenced, suggesting a high specificity of detection by this method. The sensitivity of detection for both targeted genes was 10 pg of purified DNA, which correlated with 103V. vulnificus CFU in 1 mL of pure culture or 1 g un-enriched seeded oyster tissue homogenate. This sensitivity was improved to 1 CFU per gram of oyster tissue homogenate in overnight-enriched samples. A SYBR Green I based real-time PCR method was also developed that was shown to produce results consistent with the conventional PCR method. Application of the multiplexed real-time PCR to natural oyster tissue homogenates exhibited positive detection of vvh in 51% of the samples collected primarily during the summer months; however, only 15% of vvh positive samples exhibited viuB amplicons. The rapid, sensitive, and specific detection of clinically important pathogenic V. vulnificus in shellfish would be beneficial in reducing illnesses and deaths caused by this pathogen.Key words: Vibrio, multiplex PCR, shellfish, SYBR Green I, real-time PCR.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».