Comparison of the FXG™: RESP (Asp+) real-time PCR assay with direct immunofluorescence and calcofluor white staining for the detection of<i>Pneumocystis jirovecii</i>in respiratory specimens
Notice bibliographique
Résumé
We compared the FXG™: RESP (Asp +) real-time PCR assay (Myconostica Ltd) with two microscopic staining methods (direct immunofluorescence [IFA] and calcofluor white) for the detection of Pneumocystis jirovecii in 411 respiratory specimens submitted for P. jirovecii examination. We considered the specimen to be microscopically positive if the organism could be visualized through the use of either IFA or calcofluor white. A second, published real-time PCR assay targeting the cdc2 gene of P. jirovecii was used to adjudicate those specimens that were microscopically negative but Myconostica PCR positive. The Myconostica PCR positive samples were deemed to be true positives if they were concordant with microscopically positive results or if they were positive by the second PCR assay. As a result, the Myconostica PCR assay was found to be more sensitive than the two microscopy methods in detecting P. jirovecii (10.5% true positivity rate by PCR, 8.0% by immunofluorescence, and 7.1% by calcofluor white). The Myconostica PCR assay showed 93.5% sensitivity, 95.1% specificity, 70.5% positive predictive value, and 99.1% negative predictive value. Its high negative predictive value suggests a role of the Myconostica PCR assay in ruling out Pneumocystis pneumonia.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,008 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».