Genomic abnormalities of the murine model of Fabry disease after disease-related perturbation, a systems biology approach
Notice bibliographique
Résumé
Fabry disease is a disorder of alpha-D-galactosyl-containing glycolipids resulting from a deficiency of alpha-galactosidase A. Patients have a poorly understood vascular dysregulation. We hypothesized that disease-related perturbation by using enzyme replacement therapy in the murine model of Fabry disease would provide insight into abnormal biological processes in Fabry disease. Gene expression analyses of the heart, aorta, and liver of male alpha-galactosidase A knockout mice 28 weeks of age were compared with that of WT mice. Microarray analyses were performed before and after six weekly injections of alpha-galactosidase A. Alteration of Rpgrip1 ranked highest statistically in all three organs when knockout mice were compared with WT, and its splice variants responded in a unique way to alpha-galactosidase A. Enzyme replacement therapy tended to not only normalize gene expression, e.g., reduce the overexpression of securin, but also specifically modified gene expression in each tissue examined. Following multiple comparison analysis, gene expression correlation graphs were constructed, and a priori hypotheses were examined by using structural equation modeling. This systems biology approach demonstrated multiple and complex parallel cellular abnormalities in Fabry disease. These abnormalities form the basis for informed, in a Bayesian sense, sequential, hypothesis-driven research that can be subsequently tested experimentally.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».