Genomic abnormalities of the murine model of Fabry disease after disease-related perturbation, a systems biology approach
Notice bibliographique
Résumé
Fabry disease is a disorder of alpha-D-galactosyl-containing glycolipids resulting from a deficiency of alpha-galactosidase A. Patients have a poorly understood vascular dysregulation. We hypothesized that disease-related perturbation by using enzyme replacement therapy in the murine model of Fabry disease would provide insight into abnormal biological processes in Fabry disease. Gene expression analyses of the heart, aorta, and liver of male alpha-galactosidase A knockout mice 28 weeks of age were compared with that of WT mice. Microarray analyses were performed before and after six weekly injections of alpha-galactosidase A. Alteration of Rpgrip1 ranked highest statistically in all three organs when knockout mice were compared with WT, and its splice variants responded in a unique way to alpha-galactosidase A. Enzyme replacement therapy tended to not only normalize gene expression, e.g., reduce the overexpression of securin, but also specifically modified gene expression in each tissue examined. Following multiple comparison analysis, gene expression correlation graphs were constructed, and a priori hypotheses were examined by using structural equation modeling. This systems biology approach demonstrated multiple and complex parallel cellular abnormalities in Fabry disease. These abnormalities form the basis for informed, in a Bayesian sense, sequential, hypothesis-driven research that can be subsequently tested experimentally.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,002 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».