Base-By-Base version 2: single nucleotide-level analysis of whole viral genome alignments
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Base-By-Base is a Java-based multiple sequence alignment editor. It is capable of working with protein and DNA molecules, but many of its unique features relate to the manipulation of the genomes of large DNA viruses such as poxviruses, herpesviruses, baculoviruses and asfarviruses (1-400 kb). The tool was built to serve as a platform for comparative genomics at the level of individual nucleotides. RESULTS: In version 2, BBB-v2, of Base-By-Base we have added a series of new features aimed at providing the bench virologist with a better platform to view, annotate and analyze these complex genomes. Although a poxvirus genome, for example, may be less than 200 kb, it probably encodes close to 200 proteins using multiple classes of promoters with frequent overlapping of promoters and coding sequences and even some overlapping of genes. The new features allow users to 1) add primer annotations or other data sets in batch mode, 2) export differences between sequences to other genome browsers, 3) compare multiple genomes at a single nucleotide level of detail, 4) create new alignments from subsets/subsequences of a very large master alignment and 5) allow display of summaries of deep RNA sequencing data sets on a genome sequence. CONCLUSION: BBB-v2 significantly improves the ability of virologists to work with genome sequences and provides a platform with which they can use a multiple sequence alignment as the basis for their own editable documents. Also, a .bbb document, with a variety of annotations in addition to the basic coding regions, can be shared among collaborators or made available to an entire research community. The program is available via Virology.ca using Java Web Start and is platform independent; the Java 1.5 virtual machine is required.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle