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Enregistrement W2142027262

Canine disease models for IgA deficiency

2015· dissertation· en· W2142027262 sur OpenAlexaboutno aff
Marcel Frankowiack

Notice bibliographique

RevueFigshare · 2015
Typedissertation
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueT-cell and B-cell Immunology
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésLinkage disequilibriumPopulationDiseaseBreedBiologyGenome-wide association studySelective IgA deficiencyImmunologyHaplotypePhysiologyMedicineGeneticsAlleleGenotypeInternal medicineSingle-nucleotide polymorphismGeneEnvironmental healthAntibody
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Selective IgA deficiency (IgAD) is the most common primary immunodeficiency disorder in Caucasians and is defined as serum IgA concentrations below or equal to 0.07 g/l, with normal serum concentrations of IgM and IgG, in individuals 4 years of age or older. The prevalence of IgAD is approximately 1:600 in the general population and recent results have shown that patients with IgAD have significantly poorer physical health and an increased risk of early death. The domestic dog is more than just a companion and working animal. The almost 400 distinct modern dog breeds represent great phenotypical diversity and there are more than 350 naturally occurring genetic diseases in dogs which clinically resemble the corresponding human diseases. As a result of domestication, the dog’s genome is characterised by long haplotype blocks and linkage disequilibrium (LD) making the dog an appealing model for genetic studies of human diseases. Low serum IgA concentrations in dogs have been reported to clinically resemble human IgAD. However, even though the literature on IgA concentrations in dogs is extensive, the normal range of serum IgA as well as a generally accepted cut-off value for IgAD deficiency has not yet been established. We performed an extensive screen of serum IgA concentrations in more than 1,500 dogs from 22 breeds. Dog breed-specific differences in the prevalence of IgAD indicate the involvement of genetic factors in the development of the disease. Furthermore, certain dog breeds were found to stand out as high-risk breeds. Genome-wide association studies (GWAS) in selected high-risk breeds show that IgAD is associated with genes involved in B cell development and haematopoiesis. Additionally, serum IgA concentrations were found to play an important role in the aetiology of canine atopic dermatitis (CAD), an autoimmune disease in dogs. Molecular identity allowed the quantification of IgA in serum samples from Canadian and Scandinavian wolves with the same antibodies as those used in dogs. Interestingly, wolves from Scandinavia show significantly lower IgA concentrations as compared to Canadian wolves. Due to its size, the Scandinavian wolf population is prone to inbreeding and therefore, it is known to suffer from a decrease in genetic variation. Further analyses are needed to investigate whether Scandinavian wolves and dogs with a high-risk profile for IgAD share certain genetic factors List of scientific papers I. Olsson M, Frankowiack M, Tengvall K, Roosje P, Fall T, Ivansson E et al. The dog as a genetic model for immunoglobulin A (IgA) deficiency: Identification of several breeds with low serum IgA concentrations. Vet Immunol Immunopathol. 2014;255–259. https://doi.org/10.1016/j.vetimm.2014.05.010 II. Tengvall K, Kierczak M, Bergvall K, Olsson M, Frankowiack M, Farias FHG et al. Genome-wide analysis in German shepherd dogs reveals association of a locus on CFA 27 with atopic dermatitis. PLoS Genet. 2013;9:e1003475. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1003475 III. Olsson M, Tengvall K, Frankowiack M, Kierczak M, Bergvall K, Axelsson E et al. Genome-wide Analyses Suggest Mechanisms Involving Early B-cell Development in Canine IgA Deficiency. [Manuscript] IV. Frankowiack M, Hellman L, Zhao Y, Arnemo JM, Lin M, Tengvall K et al. IgA deficiency in wolves. Dev Comp Immunol. 2013;40:180–184. https://doi.org/10.1016/j.dci.2013.01.005 V. Frankowiack M, Olsson M, Cluff HD, Evans AL, Hellman L, Månsson J et al. IgA deficiency in wolves from Canada and Scandinavia. Dev Comp Immunol. 2015;50:26–28. https://doi.org/10.1016/j.dci.2014.12.009

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,011
Score d'incertitude au seuil0,035

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0020,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0110,003

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,041
Tête enseignante GPT0,272
Écart entre enseignants0,231 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2015
Routes d'admission1
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