Haplotype analysis suggest common founders in carriers of the recurrent BRCA2mutation, 3398delAAAAG, in French Canadian hereditary breast and/ovarian cancer families
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The 3398delAAAAG mutation in BRCA2 was recently found to recur in breast and/or ovarian cancer families from the French Canadian population of Quebec, a population that has genetic attributes consistent with a founder effect. To characterize the contribution of this mutation in this population, this study established the frequency of this mutation in breast and ovarian cancer cases unselected for family history of cancer, and determined if mutation carriers shared a common ancestry. METHODS: The frequency was estimated by assaying the mutation in series of French Canadian breast cancer cases diagnosed before age 41 (n = 60) or 80 (n = 127) years of age, and ovarian cancer cases (n = 80) unselected for family history of cancer by mutation analysis. Haplotype analysis was performed to determine if mutation carriers shared a common ancestry. Members from 11 families were analyzed using six polymorphic microsatellite markers (cen-D13S260-D13S1699-D13S1698-D13S1697-D13S1701-D13S171-tel) spanning approximately a 3.6 cM interval at the chromosomal region 13q13.1, which contains BRCA2. Allele frequencies were estimated by genotyping 47 unaffected female individuals derived from the same population. Haplotype reconstruction of unaffected individuals was performed using the program PHASE. RESULTS: The recurrent BRCA2 mutation occurred in 1 of 60 (1.7%) women diagnosed with breast cancer before 41 years of age and one of 80 (1.3%) women with ovarian cancer. No mutation carriers were identified in the series of breast cancer cases diagnosed before age 80. Mutation carriers harboured one of two haplotypes, 7-3-9-3 - [3/4]-7, that varied with marker D13S1701 and which occurred at a frequency of 0.001. The genetic analysis of D13S1695, a polymorphic marker located approximately 0.3 cM distal to D13S171, did not favour a genetic recombination event to account for the differences in D13S1701 alleles within the haplotype. Although mutation carriers harbour genotypes that are frequent in the French Canadian population, neither mutation-associated haplotype was plausible in reconstructed haplotypes of 47 individuals of French Canadian descent. CONCLUSION: These results suggest that mutation carriers share a related ancestry; further supporting the concept that recurrent BRCA1 and BRCA2 mutations in the French Canadian population could be attributed to common founders. This finding provides further support for targeted screening of recurrent mutations in this population before large-scale mutation analyses are performed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».